Am 6. Oktober 1945, fünf Monate nach dem Ende des Zweiten Weltkriegs in Deutschland, erhielt die SZ als erste Zeitung eine Lizenz der US-Militärverwaltung Bayerns. Die erste Ausgabe wurde am selben Abend veröffentlicht, angeblich gedruckt aus den zweckentfremdeten Maschinen, die Mein Kampf gedruckt hatten. Der erste Artikel beginnt mit:

“Zum Geleit – Zum ersten Male seit dem Zusammenbruch der braunen Schreckensherrschaft erscheint in München eine von Deutschen geleitete Zeitung. Sie ist von den politischen Notwendigkeiten der Gegenwart begrenzt, aber durch keine Zensur gefesselt, durch keinen Gewissenszwang geknebelt. Die Süddeutsche Zeitung ist nicht das Organ einer Regierung oder einer bestimmten Partei, sondern ein Sprachrohr für alle Deutschen, die einig sind in der Liebe zur Freiheit, im Haß gegen den totalen Staat. Im Abscheu gegen alles, was nationalsozialistisch ist.”

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Süddeutsche Zeitung
• Überregionale Tageszeitung aus München
• Neueste Nachrichten aus Politik, Kultur, Wirtschaft
und Sport
www.sueddeutsche.de

Der Rückgang der Anzeigenverkäufe zu Beginn der 2000er Jahre war so gravierend, dass die Zeitung im Oktober 2002 kurz vor dem Bankrott stand. Die Süddeutsche überlebte mit einer Investition von 150 Millionen Euro eines neuen Aktionärs, einer regionalen Zeitungskette namens Südwestdeutsche Medien. Während eines Zeitraums von drei Jahren wurde die Belegschaft der Zeitung von 425 auf 307 Mitarbeiter reduziert, eine Regionalausgabe in Düsseldorf geschlossen und ein Abschnitt über Neuigkeiten aus Berlin gestrichen.

Im Frühjahr 2004 hat die SZ die Süddeutsche Bibliothek ins Leben gerufen. Jede Woche wurde einer der 50 berühmten Romane des 20. Jahrhunderts an bestimmten Kiosken und in Buchhandlungen als Hardcover erhältlich gemacht. Später folgte eine Reihe von 50 einflussreichen Filmen auf DVD. Ende 2004 brachte die Tageszeitung auch das populärwissenschaftliche Magazin SZ Wissen heraus. Ende 2005 setzte eine Reihe von Kinderbüchern diesen Zweig der Sondereditionen fort.

Anfang 2015 erhielt die Zeitung von einer anonymen Quelle einen 2,6-Terabyte-Datensatz. Der Datensatz enthielt vertrauliche Informationen einer Anwaltskanzlei, die das Management von Offshore-Unternehmen anbietet. Die Zeitung in Zusammenarbeit mit dem International Consortium of Investigative Journalists überprüfte die Daten aus den Panama Papers über ein Jahr, bevor sie am 3. April 2016 Berichte darüber veröffentlichte.

Ende 2017 veröffentlichte die Zeitung Auszüge aus einem 1,4-Terabyte-Datensatz, der als Paradise Papers bekannt ist und etwa 13,4 Millionen Dokumente enthält, und beleuchtete damit die Offshore-Finanzgerichte, deren Funktionsweise vorgestellt wird, darunter Bermuda, das Hauptquartier der USA Beteiligtes Unternehmen: Appleby, Unternehmensdienstleister Estera, Unternehmensregister in der Karibik und der in Singapur ansässige internationale Trust- und Unternehmensdienstleister Asiaciti Trust. Es enthält die Namen von mehr als 120.000 Menschen und Unternehmen. Die Zeitung rief das International Consortium of Investigative Journalists dazu auf, die Untersuchung zu überwachen. BBC Panorama und der Guardian gehören zu den fast 100 Mediengruppen, die die Papiere untersuchen. Die durchgesickerten Daten decken sieben Jahrzehnte von 1950 bis 2016 ab.