Innenpolitisch bereiteten die Nationalsozialisten 1941 die systematische Vernichtung der europäischen Juden vor. Die Einführung des Judensterns am 1. September brandmarkt alle jüdischen Bürger für jeden sichtbar. »Arische Bürger« sollen die angebliche Bedrohung vor Augen haben. Durch Auswanderungsverbote und andere gesetzliche Maßnahmen wird der Bewegungsspielraum der Juden immer weiter eingeengt; seit Juli laufen die Planungen für die »Endlösung der Judenfrage«, wie die NSDAP-Führung die systematische Ermordung aller Juden bezeichnet, die noch in ihrem Machtbereich leben. In den besetzten Ostgebieten werden Konzentrationslager ausgebaut und neue Lager errichtet. Die SS erprobt mit wissenschaftlicher Akribie Methoden des Massenmordes wie die Vergasung mit Zyklon B. Im Oktober rollen die ersten Deportationszüge in Richtung Osten.
Durch das mutige Auftreten von Vertretern der beiden christlichen Konfessionen, u. a. dem katholischen Bischof von Münster, Clemens August Graf von Galen, und dem evangelischen Landesbischof von Württemberg, Theophil Wurm, kann ein anderes Massenmord-Programm der Nationalsozialisten wenigsten vorübergehend gestoppt werden: Die systematische Ermordung psychisch Kranker und Behinderter, das »Ausmerzen lebensunwerten Lebens«. Nach Protesten der Kirchen und der Bevölkerung gegen die Morde, die von den Nationalsozialisten mit dem Begriff »Euthanasie« (Sterbehilfe) verschleiert werden, setzt Hitler im August das Programm vorerst aus. Bis zu diesem Zeitpunkt starben in den »Euthanasie-Anstalten« weit über 70 000 Menschen. Schon wenige Monate später setzt die NS-Führung jedoch die »Euthanasie« fort.
