Die Deutsche Reichsbahn, Arbeitgeber für rund 1,6 Millionen Deutsche und über 400 000 Polen und Russen in den besetzten osteuropäischen Gebieten, ist mit ihren zahlreichen Unter- und Nebenorganisationen zuständig für den Personen- und Güterverkehr im Gesamten vom Deutschen Reich beherrschten Teil Europas. Damit untersteht ihr auch die Massendeportation von Juden in die Konzentrations- und Vernichtungslager; diese läuft organisatorisch im Wesentlichen über die Reichsbahnzentrale und über die Generalbetriebsleitung Ost, beide mit Sitz in Berlin. Die Transporte, im Allgemeinen als Güterzüge abgefertigt, werden in der Planung als Personen-Sonderzüge behandelt. Der zuständige Beamte in der Dienststelle 211 des Reichsverkehrsministeriums, Amtsrat Otto Stange, ist der Hauptansprechpartner für das Reichssicherheitshauptamt der Schutzstaffel, das für die Deportationen verantwortlich ist. Ein geregelter Dienstweg soll die nahtlose Integration der Judentransporte in den Gesamtfahrplan sicherstellen; sog. Umlaufpläne für die Beschaffung des rollenden Materials und die Erstellung der Transportpläne führen die vereinbarten Sonderzüge nach Gattung, Zugnummer sowie Ausgangs- und Bestimmungsbahnhof auf. Die Deportationszüge werden dabei wie Sonderzüge mit Erntehelfern, volksdeutschen Aussiedlern oder Kriegsgefangenen behandelt; zur Unterscheidung erhalten sie die Chiffren »Da« für Züge aus dem Reichsgebiet und »Pj« für polnische Juden. Die Transportkosten muss in den meisten Fällen offiziell das Reichssicherheitshauptamt tragen, doch werden sie letztlich den Deportationsopfern aufgezwungen, die im Reichsgebiet umfangreiche Zahlungen auf ein »Sonderkonto W« leisten müssen. Grundlage der Berechnung ist der Personenbeförderungstarif der dritten Klasse; Kinder unter zehn Jahren zahlen die Hälfte, Kinder unter vier fahren umsonst. Für Transporte über 400 Personen hat die Reichsbahn einen um die Hälfte reduzierten Sondertarif eingeräumt - eine Zahl, die fast immer überschritten wird. Nicht selten werden die Passagiere erst am Zielbahnhof gezählt; Tote werden nicht mitgerechnet.