Nicht nur die Krankenhäuser, auch die niedergelassenen Ärzte erhalten ab 2009 mehr Geld, insgesamt 2,5 Mrd. €, was im Durchschnitt einer Anhebung der Honorare um rd. 10 % entspricht. Dies ist das Ergebnis der erstmaligen Honorarverhandlungen zwischen Vertretern der Ärzteschaft und der Krankenkassen. Allerdings ist es unter massivem Druck von Ministerin Schmidt zustande gekommen: Sie hatte den Ärzten ein höheres Honorar versprochen. Wenn es bis Ende August nicht zu einer Einigung zwischen Ärzten und Kassen gekommen wäre, hätte sie dieses Honorar auch festlegen können.
Dass die Honorare künftig jährlich neu ausgehandelt werden, ist ebenfalls Bestandteil der Gesundheitsreform. Sie beendet die oft undurchsichtige Bezahlung der Mediziner nach einem Punktesystem: Bisher wurden ärztlichen Leistungen Punktwerte zugeordnet, denen erst am Quartalsende ein Eurowert gegenüberstand. Je mehr Leistungen erbracht wurden, desto weniger Geld gab es am Ende für jeden Einzelfall. Nun wird es nicht nur eine Gebührenordnung in Euro und Cent geben, sondern vor allem wird die von den Ärzten heftig beklagte Budgetierung, also die Begrenzung der Gesamthonorarsumme, zumindest teilweise abgeschafft.
Bisher orientierte sich das Ärztehonorar an der Einnahmeentwicklung der Krankenkassen, die wiederum von der Lohn- und Gehaltsentwicklung ihrer Mitglieder bestimmt wurde. Dies bedeutete, dass die Ärzte finanziell darunter zu leiden hatten, wenn mehr Menschen medizinische Hilfe in Anspruch nahmen. Ab 2009 wird sich die Steigerung der Honorare dagegen vor allem an der Krankheitsentwicklung in Deutschland bemessen.